El Seminario Palafoxiano es una comunidad educativa eclesial, animada y guiada por su Arzobispo Mons. Víctor Sánchez Espinosa, donde los que han experimentado la llamada al sacerdocio, como discípulos y misioneros de Jesucristo Buen Pastor, reviven en la Iglesia la experiencia vital y formativa de la comunidad apostólica, reunida en torno al Señor Resucitado (cf. Mc 3,13-15), bajo la acción del Espíritu Santo, al servicio de la Iglesia y del mundo. (cfr. NBFSM 3; 51;102. PDV 42), como siempre dice su Arzobispo, el seminario es el Corazón de una Diócesis.
Nuestro Seminario Palafoxiano es el Corazón de la Diócesis, como todos los seminarios del mundo, es una comunidad educativa en la Iglesia, en la cual los elegidos por Dios, siguen a Cristo y están con Él, aceptando con fe las mediaciones humanas de las cuales el Espíritu Santo se sirve para su formación, buscan llegar a ser, con el sacramento del Orden, una imagen viva de Jesucristo cabeza, pastor y esposo de la Iglesia (cfr. Pastores Dabo Vobis, 42), para gloria del Padre y salvación de todo el género humano.
Toda la vida del Seminario, en sus más diversas expresiones, está intensamente dedicada a la formación humana, espiritual, intelectual y pastoral de los futuros presbíteros; se trata de una formación que, aun teniendo tantos aspectos comunes con la formación humana y cristiana de todos los miembros de la Iglesia, presenta contenidos, modalidades y características que nacen de manera específica de la finalidad que se persigue, esto es, de preparar al sacerdocio.